Selección de Características de Microarreglos de ADN Utilizando una Búsqueda Cuckoo

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Programación Matemática y Software
Universidad Autónoma del Estado de Morelos
Dr.Marco Antonio Cruz Chávez
2007-3283
Volumen 11, Número 3/Octubre de 2019
Periodo Octubre-Enero 2020
Artículo de Investigación
12-31
Computación
Octubre del 2019
Cuatrimestral

Luis Alberto Hernández Montiel, Carlos Edgardo Cruz Pérez, Luis David Hernández Huerta

Universidad del Istmo, Campus Ixtepec (UNISTMO), Ciudad Ixtepec, Oaxaca, México, 70110

Recibido: 3 de agosto de 2018   Aceptado:5 de diciembre de 2018  Publicado en línea: 31 octubre de 2019

Resumen. En este artículo, se propone un método híbrido para la selección y clasificación de datos de microarreglos de AND. Primero, el método combina los subconjuntos de genes relevantes obtenidos de cinco métodos de filtro, después, se implementa un algoritmo basado en una búsqueda cuckoo combinado con un clasificador MSV. El algoritmo híbrido explora dentro del subconjunto obtenido en la etapa anterior y selecciona los genes que alcanzan un alto desempeño al entrenar al clasificador. En los resultados experimentales, el algoritmo obtiene una tasa de clasificación alta seleccionado un número pequeño de genes, los resultados obtenidos son comparados con otros métodos reportados en la literatura.

Palabras Clave: Microarreglos de ADN, Preprocesamiento, Fusión de filtros, Selección, Clasificación.

Abstract. In this paper, a method for selection and classification of DNA-microarray data is proposed. Firstly the method combines the relevant genes subsets obtained of four data filtering methods, second, an algorithm based on a cuckoo search combined with SVM-classifier is applicate. The hybrid algorithm, explores within of subset obtained in the previous stage and selects the genes that achieve a high performance when training the classifier. In the experimental results, the algorithm achieves a high classification rate selecting a smaller number of genes, the results obtained are compared with other methods reported in literature.

Keywords: DNA-Microarray, Preprocessing, Filters Fusion, Selection, Classification.